西元十一世紀中葉以後,西藏佛教開始了教派,這一過程一直持續到西元十五世紀中葉,前後共經歷了三百餘年。在西藏佛教各派別中,主要有寧瑪派、噶當派、噶舉派、薩迦派、格魯派。
寧瑪派是藏傳佛教中歷史最久遠的一派。它是由最早傳入西藏的密教與苯教融合而誕生的的一個教派。該派僧人均戴紅帽,故又被稱作“紅教”或“紅帽派”。此派自稱他們的教法是直接從蓮花生傳下,以傳承前弘期的密教典籍為主,比其他教派誕生的時期早三百年。 噶當派是“後弘期”各教派中出現最早的一派。西元十一世紀由阿底峽的弟子仲敦巴創立。此派以阿底峽的《菩提道燈論》為基礎,強調必須循序漸進的修行。他們認為顯教和密教是相通的,但密教更有特殊的功能。
噶舉派是十一世紀形成的藏傳佛教教派。“噶舉”是口授傳承之意。這一派注重密法,多以心口相傳。又因此派僧人多穿白色僧服,所以俗稱為“白教”。此派支系繁多,最初有香巴噶舉和達波噶舉兩大派,後又分為“四大八小”等分支。
薩迦派是藏傳佛教中影響較為突出的一個派別。此派的創始人貢卻傑布,曾在後藏薩迦地區建薩迦寺,於是人們便稱此派為薩迦派。從西元十三世紀中葉至十四世紀中葉,此派在西藏地方站壓倒優勢。其第五代祖師八思巴曾擔任過元世祖忽必烈的帝師,管理全國各地的佛教事宜。格魯派是藏傳佛教最後興起的一個大教派,形成於西元十五世紀初。格魯派在其發展歷程中採取“活佛”轉世制度,逐步形成達賴、班禪兩大活佛世系。清代,在中央政府的鼎力扶植下,這一派稱為西藏地方的執政教派。